O tratamento da trombose venosa na fase aguda – primeiros dias da doença – pode ser feito com o paciente internado ou em casa, conforme o caso. O tratamento medicamentoso pode ser feito com uso de anticoagulantes endovenosos e orais. Posteriormente, é necessário o acompanhamento médico pelo tempo que perdurar o tratamento, que geralmente dura de 6 a 12 meses. Os anticoagulantes orais mais novos permitem tratamento muito seguro, sem a necessidade de acompanhamento por exames laboratoriais, apenas por exames de ecografia venosa periódica

Deve-se lembrar que medicamentos anticoagulantes podem apresentar complicações, como manifestações hemorrágicas, e que deverão ser imediatamente comunicadas ao médico. Deve-se comunicar também ao médico ou dentista, em caso de ser necessário tratamentos de outra natureza.